O estabelecimento dos riscos do tratamento cirúrgico da obesidade deve envolver as complicações operatórias, peri-operatórias (30d) e a longo prazo. A literatura sobre a taxa de mortalidade operatória com relação às operações de gastroplastia vertical com anel e o by-pass gástrico com Y de Roux (são os dois procedimentos bariátricos mais relatados na literatura) revelam taxas relativamente baixas (entre 1 e 3%). A morbidade no pós-operatório imediato (infecção de ferida operatória, deiscência, fistulas, estenose de estoma, úlceras marginais, pneumopatias e tromboflebites) situa-se em torno de 10%, sendo que as complicações de maior risco de mortalidade (fistulas e trombose venosa profunda) incidem em 1%.

Um estudo do Registro Internacional de Cirurgia Bariátrica em 1997 compilando dados de 10 anos de cirurgia bariátrica com 14.641 pacientes, sendo a gastroplastia vertical com anel o procedimento mais realizado, seguido do by-pass gástrico com Y de Roux, o tempo médio de internação foi de 4,7 dias. No período peri-operatório de 30 dias foram relatadas complicações em 6,63% dos pacientes, com 1,35% de complicações severas e 5,28% de complicações leves/moderadas e ocorreram 25 óbitos no período pós-operatório de 30 dias, representando uma taxa de mortalidade de 0,17%.

O risco benefício das operações para tratamento da obesidade mórbida deve ser encarado num contexto em que a obesidade mórbida é uma doença crônica, progressiva e que aumenta consideravelmente a mortalidade dos pacientes acometidas por essa afecção. Neste sentido pode-se dizer que o risco cirúrgico é menor que o risco da obesidade em si.